Ele teve duas passagens pelo Fortaleza em diferentes momentos, mas não deixou grande saudade na torcida do Leão do Pici, Agora, vivendo um momento artilheiro, ele entrou para a história de um outro grande clube brasileiro.
Em 2019, Júnior Santos passou pelo Fortaleza emprestado pelo Ituano, e marcou 10 gols em 27 jogos durante os 6 meses que passou no clube. Em 2023, o jogador retornou ao Leão do Pici, dessa vez em definitivo, com o clube cearense adquirindo 100% dos direitos econômicos do jogador junto ao Sanfrecce Hiroshima, do Japão, por US$ 700 mil (R$ 3,6 milhões).
No entanto, a segunda passagem do atacante pelo Tricolor de Aço durou apenas 3 meses, e ficou muito abaixo do esperado. Com isso, Júnior Santos pediu para ser vendido ao Botafogo, que pagou US$ 200 mil (R$ 1 milhão) pela contratação do atacante, e ainda assumiu todos encargos financeiros do atleta, incluindo o restante do pagamento ao Sanfrecce Hiroshima-JAP.
Ex-Fortaleza, Júnior Santos se torna o maior artilheiro do Botafogo na história do Botafogo
E agora, um ano depois de deixar o Fortaleza, Júnior Santos entrou para a história do Botafogo ao se tornar o maior artilheiro do clube na história da Copa Libertadores da América.
O atacante, de 29 anos, chegou ao jogo contra o Bragantino, pelo jogo de ida da 3ª fase da Libertadores, dividindo a artilharia do Botafogo na história da Libertadores com Rodrigo Pimpão, Dirceu e Jairzinho, todos com cinco gols no torneio continental.
Com os dois gols marcados diante da equipe de Bragança Paulista, Júnior Santos alcançou os 7 gols e se isolou como o maior artilheiro do botafogo na história da Copa Libertadores. Vale destacar que o jogador marcou todos os 7 gols em apenas 3 jogos na competição, sendo 5 deles contra o Aurora-BOL (4 numa mesma partida, inclusive) e os 2 contra o Bragantino.